清流，古属黄连峒。周、春秋末为闽越地。秦属闽中郡。汉属闽越。东汉属会稽南郡。三国属建安郡。晋为新罗县，地属晋安郡。隋开皇(581～600)时并入邵武县。唐开元二十六年(738)，改属汀州府龙岩县。后唐为长汀、宁化两县地，属汀州府。五代初属闽王，后属南唐。后晋，归属宁化麻仓里，设清流驿。

　　宋元符元年(1098)，提刑王祖遭巡视郡县憩于宁化麻仓里清流驿，爱其山明水秀，认为宁化地界广远，难于管理，呈文上奏划宁化6团里、长汀2团里置清流县，以“溪流回环清澈”故名，属汀州府。县治设坊郭里，后称城关。绍定元年(1228)，撤销县建置。元至元八年(1271)，恢复清流县建置，属汀州路。明洪武元年(1368)，汀州路改为汀州府，清流属汀州府。清代属福建汀州府。
　　民国元年(1912)，实行省，道、县三级地方政制，属福建省西路道，民国3年属汀漳道(道所龙岩)。
　　民国21年，清流县苏维埃政府成立，清流属中央苏区，直至民国23年t红军北上抗日。
　　民国22年11月至民国23年2月，十九路军将领蔡廷锴发动“福建事变”，成立中华共和国人民革命政府．即福建人民政府．将福建划为4个省，清流属龙漳省。
　　民国23年，福建省划为10个行政督察区。清流属第八行政督察专员公署(治所长汀)。翌年10月．全省改划为7个行政督察区，清流属第七行政督察区。
　　民国35年，福建省划为9个行政督察区，清流属第九行政督察区。翌年7月，全省改划为6个行政督察区，清流属第六行政督察区(治所永安)。

　　1950年2月22日，清流解放，清流属福建省人民政府永安专员公署。l956年5月，并入龙岩专员公署。l959年2月，清流、宁化合并，称清宁县。
　　1961年6月6日(9月批准)恢复清流县建置，属龙岩专员公署。
　　1963年5月，属三明专员公署。l968年，属三明地区革命委员会。

　　1968年11月7日，成立清流县革命委员会。
　　1980年10月28日，清流县革命委员会改称清流县人民政府，仍属三明专员公署。
　　1983年4月至今，属三明市管辖。