清流县大部分高山颁布在县境的南北东面，构成三面高山耸产，中西地形略低的地势。主要山峰有：

　　莲花山在东华乡、嵩溪镇交界处，海拔1109.5米之间，旧传：山中有莲池，夏日莲花盛开，故名莲花山。被列为县级自然保护区。

　　象峰山在嵩溪镇，以其形似大象，故名。海拔1100.7米。

　　三层寨位于嵩溪镇与宁化交界处，海拔1017米。原是本县的土纸产区之一。

　　腾云嶂位于温郊乡，海拔1079米，是本县主要的林区之一。

　　笔架山位于沙芜乡，面临大岭，海拔1250米，九龙溪从山脚蜿蜒流过，该山与永安县境相连接。

　　九龙岗位于沙芜乡，海拔1172米。

　　相见岭位于沙芜乡，海拔1017米。

　　铁石嶂位于长校、里田乡之间，海拔1048米，主脉北东向宁化、长汀县境倾斜，山上林木茂密，盛产木材和野生药材。

　　鳌峰山位于灵地乡，海拔1302米。

　　贵人峰位于长校乡，海拔1010米。山腰有建于元代的贵人寺，山的主脉向南斜贯连城县境。

　　梁石山位于长校乡，海拔1010米。

　　棋盘山位于赖坊乡大丰山，海拔1705.7米。该山主脉来自大息岭，层峦叠嶂，峭崖奇绝。山腰有顺真道院。晴天朗日，可遥望永安、连城诸峰，是清流一大名山。

　　高岭大宝寨位于赖坊乡，海拔1150米。

　　豆子坂位于赖坊乡，海拔1369米。

　　东嶂山位于灵地乡，海拔1297.6米。