清流县属沙溪水系，河流水系由四面向中部地带汇聚，以九龙溪为干溪，主要支流有嵩溪溪、罗口溪、长潭河、文昌溪五大支流。

　　九龙溪 是清流主要干流，由宁化横锁入境，经龙津、嵩口、沙芜等乡镇入永安与燕江汇合，自西北向东南斜贯全境，全长53公里，县境内流域面积476平方公里，比降为11.3/1万，平均流量56立方米/秒。

　　嵩溪溪 发源于时州和林畲等地，流经嵩溪、嵩口等乡、镇，自北往南注入九龙溪汇合，全长34公里，流域面积365平方公里，比降为29.4/1万，平均流量11.3立方米/秒。

　　罗口溪 发源于长汀、连城县，由南向北穿过古洋山与东嶂山之间的长灌村，经李家、灵地、邓家、田口、沙芜等乡注入安砂库区，河流长度48公里，县境内流域面积336平方公里，比降为12.5/1万，平均流量为49.5立方米/秒。

　　罗峰溪 发源于明溪县胡坊，流经温郊、余朋等乡，由北向南注入安砂水库，全长21公里，县境内流域面积277平方公里，比降为143/1万，平均流量9.0立方米/秒。

　　长潭河 发源于宁化县治平、曹坊，经里田、长校、田源等乡，自西向东与罗口溪汇合流入安砂库区，流长27公里，县境内流域面积237平方公里，比降为66.7/1万，平均流量为33.0立方米/秒。

　　文昌溪 发源于赖坊寨下，经赖坊、沙芜自南往北注入安砂库区，全长16公里，流域面积134平方公里，比降为50/1万，平均流量为15.6立方米/秒。