自明成化二年（1466）至1990年的524年中，有文献记载的对清流造成较大损失的水灾发生32次，平均每16.3年发生一次，水灾大多发生在每年4~6月。洪涝灾害往往冲毁良田、房舍、桥梁。

　　据明、清、民国版《清流县志》记述，清流发生的水灾如下：

　　明朝成化二年（1466）夏，淫雨，山水暴涨，人畜溺死甚多。

　　成化廿年（1484）夏，大雨，山水漂没民居，田苗淤沙，人畜溺死甚多。

　　成化廿一年，淫雨，县乡民居多被冲坏，人畜溺死甚多。

　　嘉靖三十五年四月二十三日，大水，城中可行舟楫。

　　万历六年（1578），凤翔桥被洪水冲垮。

　　万历八年，归来桥被洪水冲圮。

　　万历十四年，广济桥被洪水冲圮。

　　天启七年（1627），大水冲崩龙津、凤翔二桥。

　　崇祯五年（1632）三月二十日，大水。

　　清朝顺治四年（1647）四月，大水，平地深丈余，舟从城上入。

　　顺治七年（1650）四月二十四日，洪水大涨，县前深7尺，县境内外冲去田塘屋宇无数。

　　顺治十五年（1658）六月初一日，大水，城内水深三、四尺。

　　康熙八年（1669）五月十四日，大水入城。八月初五四更，洪水陡入城。

　　康熙十年五月初六，大雨，溪水入城。九日复浸入城。

　　乾隆十六年（1751）五月，大水，近溪民房一概漂去。

　　乾隆三十八年（1773）四月二十七日，水颇大，船不能过岸。

　　乾隆三十九年，大水，东桥折，水至西门桥头。

　　乾隆四十五年，大水，沿溪民居被淹。

　　乾隆五十六年五月，大水，东西两桥被水冲断。

　　嘉庆五年（1800）七月十七日，水骤涨，男妇援墙逃命。县衙大堂水深一丈二尺。

　　道光五年（1825），凤翔桥被水冲去小半。

　　道光八年，凤翔桥被冲，五墩均圮。

　　光绪三十二年（1906）六月二十二日，大水，南面城墙毁十余垛。

　　民国4年（1915）4月，大水。5月23日，淫雨连绵，溪水暴涨。25日沙溪洋心河骤涨2丈。26日，城内涨入街市，高丈余。

　　民国5年5月15日，大水，赖坊万寿桥记。

　　民国37年6月13日至17日，普降暴雨。

　　解放后，清流发生的较大水灾有5次：

　　1957年5月27~29日，暴雨，嵩溪河水猛涨，28日，洪水涌进嵩溪深5市尺。

　　1959年5~6月，两次大水淹没农田1万余亩，冲毁水利工程2282处，桥梁471座，房屋785间，死亡5人。

　　1968年6月17日，大雨，城关被 水淹达12小时，水位超警戒线4.5米。洪水遍及全县，城关受灾尤重，东门桥冲毁，全县倒塌土墙房屋33648平方米，受淹稻田12506亩，共计损失535万元。

　　1984年6月1日，日降雨量196.1毫米，城关街道全部被淹，15个乡、镇全部受灾，死亡5人，轻重伤8人，冲毁房屋752座，受淹耕地27009亩，经济损失达992.58万元。