1950年,以区辖乡,全县设3区,辖42乡镇,各区设区公所。嵩溪区驻地在嵩溪,辖1镇12乡;沙芜区驻地在沙芜塘,辖12乡;灵地区驻地在灵地村,辖17乡。
1951年1月,调整为5区81乡。 1956年4月,撤销第5区,调整为4区43乡镇。 1958年5月,撤区并乡,全县并为1镇15乡。同年10月,实行公社化,各乡镇改称人民公社。 1959年2月,清流与宁化县合并,原清流县辖区设6个公社、8个管理区。 1961年6月,恢复清流县建置,设14个公社、106个大队。 1984年9月,行政区划恢复乡镇建制。1990年全县设3镇12乡和115村、居委会。
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