清流自宋代置县始，财政事务即由县主簿兼办，宋有专职机构。明设税课司。清设税课局。

　　民国初期，县署设科长二名，其中一名科长分管赋税，负责财政收支。民国23年(1934)11月始设财政科，后与建设科合并，改称二科。民国30年，县政府设粮政科，民国38年，田粮科并入财政科。在民国20年，成立清流县工农革命委员会，下设财政部。次年，清流县苏维埃政府仍设财政部。民国23年，红军撤出苏区，财政部随之消失。

　　1950年2月，成立县人民政府，设立财粮科。1958年8月，财政局与税务局合并为财税局。1959年2月，清流与宁化县合并设清宁县财政局，下设清流税务办事处。1961年8月，重新设立清流县财税局。1968年11月，成立清流县革命委员会，归属生产指挥组。1970年10月，恢复财政局。1987年7月，各乡镇成立财政所，1990年，财政系统有干部、职工35人。