明军入闽后，经过战乱，清流经济始得复苏。洪武年间，县衙决定“一切客商货物，投税之后，听从发卖”。并通过圩集进行定期交换，每遇庙会期，江、浙、闽、广各地客商云集清流。仅樊公会期，宰杀耕牛达百头。清代，生产衰落，商业不景气。民国初年略有复苏。一些小座商、行商、饮食摊点，多经营杂货、迷信品等，走乡串户，肩挑叫卖。民国27年(1938)，清流对外输出商品达17966元，主要是竹、木、纸、食品等；输入商品总值165544元，主要是燃料、烟草、药品、金属、染料、化学品、家用杂物等。私营个体商店有：药材6家，资金900万元，食杂12家，资金2300万元，烟1家，资金250万元，客店6家，资金800万元，糕饼店3家，资金550万元，酒店3家，资金450万元。清流最大富商琴源的沈德勋，号称百万富翁，除拥有大片农田和山林外，在盘兰溪一带开设36个纸厂，在连城姑田等地拥有72家商店。民国36年，经国民政府核准登记的商业有35家，最大商号万盛森，以经营土纸为主，在福州、长汀均设有纸行。在城关主要经营品种达300种，其余均是经营当地加工生产的竹笠、土黄纸、土布等。日用品大部分为从宁化、连城运销来的陶瓷器、油纸等。民国37年，全县有私营商业31家，资金5250万元。直至解放前夕，全县只有行商、摊贩198家，其中南昌祥、万盛森、万春祥、伍荣记、五厚记、发顺昌等8家的资本占全县私商资本的三分之一以上，其余多资本微薄。由于资金紧缺，购买力低，没有专营商店，大部分是杂货店，随行就市，靠肩挑，从长汀、连城、江西毗邻地区购进商品。
解放后，人民政府执行“繁荣经济，保障供给，城乡互助，内外交流”的方针，组织生产，疏通城乡购销渠道。
1951年5月，对全县私营商业进行登记发证，共有私营商业、饮食业、服务行业309户，从业341人，资金27692元。其中棉布业19户，资金8178元；百货菜杂业91户，资金10526元；文具1户，资金173元；国药50户，资金1036元；杂商摊贩50户，资金817元。其他98户资金6962元，1952年私营商业零售额15429元，资本较多的有南昌祥、万盛森、伍荣记、五厚记、发顺昌。
1954年始，对私营商业采取经销、代销方式进行社会主义改造，至1956年基本完成。已改造的占98.9%，未改造的私营商业，主要是老、弱、病、残者，经营小买卖。此后，私营商业受到限制。1958年，私营个体商户只有25户，从业25人。1961年，调整商业政策，恢复集市贸易，允许小商贩自由经商，个体商业有所发展。翌年，全县有无证商贩830人。1964年，开展社会主义教育运动，有的自动停业，是年无证商贩只有145人。翌年，全县无证商贩减至70人，1975年私营商贩只有30余人。
中共十一届三中全会后，实行改革、开放政策，允许私人经商，实行多种经营方式，个体经济迅速发展，1980年，全县有个体商业59户，资金15.45万元。至1990年，全县有私营个体商户2196户，资金774.4万元，分别是1980年的37.2倍多和50.09倍多。
