80年代后，环境污染日益引起人们的重视。1985年，全县有环保设施固定资产48万元，环保工作人员15人，当年向5个单位征收排污费3200元。“三废”综合利用产值6.44万元。1985～1990年，各企业治理“三废”项目累计达32项，投入资金157万元；处理废水26万吨，粉尘回收量307吨；固体废物处理、处置量13078吨，固体废物综合利用量109吨；综合利用产值718.2万元；实现利润41.61万元。

　　1988年后，县环保部门依法对环境进行监测管理。每年进行一次执法检查，对环保设施运行情况按季进行现场检查。1985～1990年，共向125个单位开征排污费76.87万元。1990年，检查第二个建设项目的同时设计、同时建设、同时使用的“三同时”执行率为100%。县环保部门还就城区噪音、饮水、烟尘排放等问题制定环保规定。

　　1985～1990年，全县反映环境污染的来信来访达105次，主要是县合成氨厂、县化工厂、县香料厂、县罗口煤矿以及嵩溪造纸厂和连城县、宁化县的企业“三废”对环境造成的污染，县环境部门依法及时做出处理。1989年12月，县环保局上报三明市环保局《关于因连城造纸废水污染姚坊河，影响群众饮用水要求给予赔偿补助的报告》，省环保局、龙岩地区环保局、三明市环保局经过多次调查研究，最后达成由连城县环保局负责筹集2万元资金赔偿灵地姚坊村的协议。县委于1990年1月17日在嵩口镇召开会议，讨论嵩溪造纸厂废水对嵩口高赖村饮用水污染问题，决定由嵩溪造纸厂在1990年底前赔偿3万元给嵩口高赖村。1990年5月20日，县氟盐化工厂氟化氢气体泄漏，造成附近404亩农田和大片森林枝梢干枯，群众反映强烈，5月29日，市环保局会同市化学工业公司组成7人联合调查组进行调查，分析事故原因，并根据环保法规的规定提出赔偿改正等处理意见。

　　1990年，三明市环境监测站对清流县城区三个测点的大气、水质、噪音进行监测，各监测指标均达到国家一级标准。