1950年2月，中共福建省委派干部随同中国人民解放军接管清流，成立中共清流县委，隶属中共永安地委。县委设书记、副书记、常委、委员。1956年5月，永安地区专员公署撤销，县委划归中共龙岩地委领导。
1967年1月以后，由于“文化大革命”，县委处于瘫痪状态。1968年11月，成立清流县革命委员会(以下简称革委会)，行使县委、县人委的领导职能，实行“一元化”领导。1971年5月，恢复中共清流县委，县委书记兼任县革委会主任，继续实行党的“一元化”领导。1980年10月，县革委会改为县人民政府，实行党政分开，县委书记不再兼任政府职务。1983年4月，三明地区改设省辖三明市，实行以市带县的新体制，县委隶属于中共三明市委。
1967年1月，由于造反派夺权，县委各工作机构处于瘫痪或半瘫痪状态。1968年11月，县革委会成立后，原县委各工作机构的职能由县革委会的办事组、政治组等取代。1971年5月，恢复成立中共清流县委，1972年逐步恢复设立县委各工作机构。1980年起，县委先后增设统战部、对台湾工作办公室、政法委员会、党史征集办公室、政策研究室和机要科等机构。1990年，县委工作机构有：办公室、组织部、宣传部、统战部、机关党委会、党校、政法委员会、对台湾工作委员会、党史办公室、政策研究室、政治体制改革办公室、机要局、老干局等。
三、党组织
(一)党组
为加强党对政权、经济等非党组织的领导，1951年开始，县委在县供销合作总社和人民政府等机构中设立党组。在县委领导下，党组负责实施党的方针、政策，团结非党干部和群众完成党的任务，指导机关党组织的工作。至1990年底，全县共有5个党组。
县人民政府党组 1953年1月成立，1956年1月消失，1980年11月复设。
县人大常委会党组 1980年10月成立。
县政协党组 1980年10月成立。
县人民检察院党组 1980年11月成立。
县人民法院党组 1980年11月成立。
县公安局党组 1980年11月成立，1988年6月撤销。
县供销合作总社党组 1951年1月成立，1954年9月撤销。
县政法机关党组 1955年12月成立，1959年2月撤销。1964年1月恢复设立，1965年7月消失。
(二)机关、企事业党委
1951年以后，随着党员人数的增加，县委先后在军事组织和机关、企事业单位建立党的基层委员会。至1990年，机关、企事业单位共有7个党委。
县独立营党委 1951年5月成立，1952年6月撤销。
县林业委员会党委 1958年9月成立县林业局党委，1959年2月消失。1961年9月复设县森工局党委，1968年10月消失。1980年6月，复设县林业局党委，1984年1月，改称为县林委党委。
清流五○一矿党委 1958年10月成立，1962年撤销。
县直机关党委 1952年9月成立县直机关党总支，1961年8月改设县直机关党委。
县人民武装部党委 1961年10月成立。
县公安局党委 1975年3月设立，1980年11月改设为党组。
中国人民武装警察部队清流县大队党委 1983年7月成立。
县经济委员会党委 1984年2月成立。
县农业委员会党委 1984年3月成立。
县精神文明建设委员会党委 1985年1月成立，1988年6月撤销。
县财政贸易委员会党委 1986年4月成立。
(三)区、乡党委(总支)
1932年2月，成立中共城郊区党委，领导城关周围乡村党的工作。5月以后，先后成立嵩溪、城北、嵩口3个区党委。当年12月，宁化县的安乐划由清流县苏维埃政府管辖。安乐区委同时划由中共清流县委领导。是时，县委领导城郊、城北、嵩溪、嵩口、安乐5个区党委。
1934年11月，国民党军第五十二师进犯清流苏区，嵩溪、嵩口、城郊等区党委先后停止活动。
1950年2月，县委在嵩溪、沙芜、灵地建立区党委。12月，调整行政区域，全县改设5个行政区，设立一区(嵩口)、二区(嵩溪)、三区(沙芜)、四区(灵地)、五区(长校)5个区党委。
1956年4月，因行政区域变动，全县设嵩口、嵩溪、沙芜、灵地4个区党委。
1958年5月，实行撤区并乡，将原来4个区改设16个乡镇，设城关镇、嵩口乡、嵩溪乡、长校乡4个党委，另设田口、林畲、温郊、余蛟、沙芜、赖坊、邓家、灵地、古坑、里田、塘前、罗坊12个乡党总支。10月，实行“人民公社化”，乡镇改为人民公社建制，设4个人民公社党委，12个人民公社党总支。
1959年2月，清流、宁化并县，中共清宁县委在原清流境内设清流、嵩溪、嵩口、沙芜、灵地、长校6个人民公社党委，罗坊、塘前两个党总支随行政区域变动而划给永安、连城县委管辖。
1961年6月，恢复清流县建制，设城关、嵩口、田口、嵩溪、林畲、温郊、沙芜、赖坊、邓家、灵地、古坑、长校、里田、余朋14个人民公社党委。1967年1月，因造反派夺权，各人民公社党政机构相继瘫痪，由人民公社人武部生产指挥组取代原公社党委部分职能。
1968年6月至1970年6月，14个公社先后成立革命委员会党的核心小组，行使原公社党委职能。
1971年2月至7月，恢复设立各人民公社党委，全县仍设14个农村基层党委。
1982年3月，增设龙津镇党委。全县设1个镇、14个人民公社党委。
1984年9月，实行政社分开，改人民公社为乡镇建制，并将嵩口公社改为嵩口镇，全县设2个镇、13个乡党委。
1990年9月，嵩溪乡改设嵩溪镇。当年底，全县共设龙津、嵩溪、嵩口3个镇党委，东华、林畲、温郊、余朋、田源、沙芜、赖坊、灵地、邓家、李家、长校、里田12个乡党委。
(四)基层党支部
民国18年冬，中共闽西特委派出党员到清流宣传群众，酝酿革命。部分在外的进步青年相继加入中国共产党。民国19年8月，在城关建立清流县第一个共产党组织——中共清流城市支部。民国20年春，清流县党的组织进一步发展，先后建立城南、城北等乡村党支部。党的基层组织由城区逐步向外围乡村扩大，嵩溪、嵩口、长校、里田等乡村相继建立党支部。经民国21年秋、民国23年春等几次较大规模的发展，在全县农村和武装组织中，总共建立党支部34个，党员达300余名。民国24年以后，在艰苦的游击战争中，乡村党支部相继遭到破坏，部分共产党员转入党领导的武装组织，继续斗争。
1949年春，部分在外的清流籍共产党员返回清流开展革命活动。其间，清流共有党员5人，但没有建立支部。
1950年2月，县委在县直机关以及嵩溪、沙芜、灵地的区直机关建立4个党支部。随着各项工作的发展，干部队伍逐步壮大，党员数逐年增加，至1952年，全县建立党支部7个。
1953年，由于农村党员队伍壮大，新建农村党支部18个。至1956年，全县共有党支部62个，其中县、区党政机关10个，厂矿企事业单位7个，乡村45个。
1957年以后，县委按照中共“八大”通过的党章，加强党的组织建设，相继在企事业单位和人民公社的生产大队建立基层党支部。1965年，全县共有支部159个，其中党政机关19个，企事业单位42个，生产大队98个。
1967年1月以后，由于“文化大革命”，党的基层组织瘫痪，党的组织活动停止。1970年9月以后，遵照“整顿、恢复、壮大党的组织”的指示，恢复党的基层组织和党的生活，开展整顿支部、发展党员等工作。至1976年，全县共有基层党支部240个，其中机关、企事业单位131个，农村生产大队109个。
进入社会主义建设新时期以后，随着党员队伍的壮大和各项事业的发展，县委进一步加强党的基层组织建设，对于具备成立基层党支部条件的工厂、商店、学校、机关等都及时建立党支部。至1990年，全县共有基层党支部324个，其中机关、厂矿、学校、企事业单位214个，农村110个。
