民国29年(1940)9月,成立三民主义青年团永安分团清流直属分队,开始吸收团员,发展组织。民国30年3月,福建省支团部派罗大成任分队长。翌年5月,清流直属分队扩展为永安分团第九区队,配备组织员、服务员等。民国32年2月,清流团务隶属汀州分团,改称三青团汀州分团清流第一区队,由邹圣基任区队筹备员。下设总务、组织训练、宣传服务、女青年4个组,配备干事3人,女青年指导员1人,服务员2人。下属清流剧社,人员68人;嵩溪青年剧社,人员79人。此外,设有青年服务社1所,人员59人,内设食堂及青年招待所2个。民国33年,由县立简易师范学校校长兼任区队主任。
民国34年10月,汀州分团干事会奉命将所辖的清流团务工作移交给宁化分区筹备处管辖。12月初,根据宁化分团筹备处决定,成立宁化分团清流区队联合办事处,由余汉任联办主任。其间,清流的三青团工作以吸收团员、加强分区活动为主要内容,全县计成立区队3个,直属分队1个,共有团员142人,其中男128人,女14人。
民国35年初,成立三青团清流县分团筹备处,吴厚仁任筹备处主任,汤学珠任书记。团务处成立后,宁化分团即将清流的团务工作全部交由清流团务筹备处。其间,清流分团筹备处共辖城内、大基头、供坊、嵩溪和县立简师5个区队,以及村里区队、北里区队、梦溪区队3个筹备处。区队以下有42个分队,团员420人。
民国36年9月,实行党团合并,成立清流县党团统一会,由省党部和支团指定江瑞声、汤学珠、吴厚仁等5人为党团统一委员。县党团统一会之下每乡设一个区党部,每保设一个区分部。10月,根据省支团通知,全县团干、团员一律参加党团统一组织。至此,三青团清流分团的一切活动结束。