第二次国内革命战争期间，县苏维埃政府重视工人运动。民国20年(1931)10月，成立县工会委员会，王大汝任主席，其下分设打铁、缝衣、泥水、苦力等行业工会，有会员100多人。11月，县工会成立工人模范排，刘高升任排长，有战士22人，他们协同红军和游击队作战，担负城区警戒，为巩固和建设苏维埃政权，捍卫苏区发挥先锋骨干作用。民国21年2月，成立省总工会宁清归工会办事处，进一步加强对宁化、清流、归化等县工会的领导。同年4月，清流县工会组织工人赤卫队、工人独立连等工人武装组织。7月底，工会组织进一步发展，召开工会会员代表大会，选举裴德润任工会主席。10月，城市工人在县委、工会领导下，开展反剥削斗争，要求增加工资。民国21年春至民国23年4月，县总工会隶属于福建省总工会宁清归办事处。民国23年5月至11月，隶属于闽赣省总工会。民国23年11月，清流县城失守，工会组织消失。
民国32年11月，成立民船工会。李赵松任工会主席，会员80人。工会组织配合国民党政府利用工头压迫工人，打击进步力量，未能真正保护工人利益。民国35年，依照修正工会法改组工会。是年，省政府不断督促县党部组织成立各业工会，制止工人罢工怠工等行为，但收效甚微。翌年，为防止工潮，成立工运指导委员会，并在城厢镇公所召开联合会筹备会。因违背人民意愿，当年仅成立公路工会，清流县工会仍不能凑足法定7个单位的规模，未组成联合工会。解放前夕，工会组织自行解体。
解放后，为组织工人参加经济建设，1950年11月，成立清流县工会筹备委员会，开始筹建基层工会和县总工会。继而，组建邮电、建筑、教育、航运等行业工会。1951年1月，清流县首次工会会员代表大会召开，县总工会正式成立，有会员221人。1952年4月，会员增至570人，占全县职工的47%，成立119个工会小组，建立教育、搬运、建筑、银行、税务、人保、粮食、合作社、造纸、手工业、民船、卫生、邮电等13个基层工会。8月，县工会组织成立工人纠察队。9月，沙芜塘民船工会成立。1954年3月，总工会改为县工会联合会。次年3月，根据全国总工会《关于工人总数不足3000人的县不建立县工会联合会的通知》，县工会联合会撤销。由于职工队伍扩大，1957年12月30日，县委组织成立县工会筹备会。翌年6月，恢复工会联合会，12月，改称清流县总工会。
1966年5月，“文化大革命”开始，县总工会和基层工会机构瘫痪。1968年，成立清流县工人代表大会委员会，取代县总工会。1973年6月，重新组建县总工会。各基层工会也相继恢复。1986年，清流县职工达1.2万余人，为进一步健全职代会制度，全县133个基层工会和14个独立工会小组，有84个基层工会建立职代会。1990年，全县职工达9262人，建立基层工会156个，工会会员8210人，占职工总数的88.6%，其中女会员3020人。
