一、明清时期驻军
明万历五年(1577)，巡抚庞尚鹏以工食繁费裁减地方军，定每县驻兵300名，驻清流308名。
清顺治初年，游击李国雄、守备武宏谟领兵驻县防御。清顺治十二年(1655)三月，京师发兵万人驻防汀州(长汀)，四月，分驻所辖8县，清流驻兵500名。
清康熙三十九年(1700)，派左营守备1员、中营1员、把总1员、游击千总24员领兵300名驻县。清光绪末年，汀州镇标左营派游击及把总带兵驻清流、嵩溪、铁石，各有营勇10余名。
二、民国时期驻军
民国7年(1918)，援闽粤军大队委派营长蓝玉田率营驻清流，并任清流县知事。
民国8年，闽军、护法军协议停战，清流划归护法区。11月，陆军第二十四混成旅派一连兵员驻清流。
民国12年，省陆军第三师王献臣率部驻上杭、长汀。派徐得胜营驻清流。5月，调李宝珩团驻县。
民国15年，国民革命军第十七军入闽，省陆军第三师吴德龙营改编为国民革命军驻清流县。民国18年，省保卫团马鸿兴部驻清流、宁化两县。
民国19年11月，省陆军第二混成旅周志群部分驻明溪、清流。旅部驻清流。
民国21年2月，红军独立七师进驻清流。
民国22年2月，国民党五十二师师长卢兴邦奉命率部进驻闽西“围剿”工农红军，卢部副师长卢兴荣率师直机关及4个团兵力驻清流县城和嵩口。
民国22年6月，红四师第十团、十一团和独立七师攻陷清流城。11月，苏区在嵩溪成立宁清归军分区独立七团，下辖3个营计600多人，团长李集斌，政委丘正、黄同荣。
民国23年7月，红一军团万余人由小陶、四堡抵清流南部，驻扎于里田等地。10月，陆军第五十二师攻陷清流苏区，县苏区政府撤离，县城失守。该师4个团进驻清流。民国25年，由保安大队郑旌溪部换防进驻清流。民国32年，郑团留驻分队调离后，清流无外来驻军。
三、解放后驻军
1950年2月22日，中国人民解放军第二十九军八十七师二六一团进驻清流县城，接管原国民党军事机构，清剿反动武装，保护新生的人民政权和人民生命财产安全。1952年，剿匪结束后，部队撤离。
1955年，中国人民公安部队福建省总队第二团二营营部驻清流林畲乡，九连驻林畲，十连驻嵩口镇□埔村，十二连驻嵩溪。
1958年12月，中国人民解放军八六二二七部队七九分队(测雨站)，进驻长校乡鳌峰山，为空军提供气象资料。
1958年12月，中国人民解放军八七○二五分队，驻长校乡鳌峰山，为空军提供雷达情报。
1962年4月起，担负陆军驻闽部队作战训练保障任务的三二六○八、三二二六一、三二五四○、三二一六五部队，先后驻清流。
1964年，中国人民解放军三二一六五部队一个分队进驻清流城关，保卫国家通讯设施，维护军用电缆。
1979年12月，三明军分区独立营一个连驻清流，次年6月撤回。
1983年7月，组建中国人民武装警察部队清流大队，隶属于武警三明支队，下设4个中队，一中队和消防中队驻清流城关、二中队驻嵩溪、三中队驻林畲。
