1966年5月，“文化大革命”开始。次年1月，县内各级党政领导机构被“造反派”非法夺权。同年2月，中国人民解放军福州军区及其所部奉令介入地方执行“三支两军”(即支左、支工、支农、军管、军训)任务。3月，成立县人民武装部农业生产领导小组，领导全县工农业生产。各人民公社也以武装部为主，成立“三结合”的农业生产领导小组。4月9日，县人武部生产领导小组决定，成立县生产领导小组办公室、农林水办公室、财贸办公室、工交办公室、文教卫生办公室。1968年6月16日，成立中国人民解放军福建省清流县公检法军管组，对县公安局、人民法院、人民检察院实行军事管制。11月7日，经福建省革命委员会和省军区批准，成立由军队代表、地方干部代表、群众代表参加的“三结合”县革命委员会，取代原县委和县人民委员会领导职能。县革委会隶属三明地区革委会，下设政治组、办事组、生产指挥组，取代原县委和县人委中各部委办局的分工职能。