清流县实验小学前身为清光绪三十二年(1906)创办的县立敦本小学堂，校名屡经更改，后改称丰山小学堂；民国17年(1928)，改为县立模范小学校；民国23年，改为县立第一小学校；民国26年，称县立三港中心小学校；民国28年，改为中正镇中心小学校；民国34年，改为城厢镇中心国民学校；民国37年，有教职员9人，学生150余人。民国38年4月停办。

　　1950年4月复办，称城厢中心小学，当年有教职员7人，学生140余人。1954年改名为城关中心小学；1959年改称清流中心小学；1961年7月恢复原校名；1963年改为县实验小学；“文化大革命”期间，更名为红卫小学；1976年7月，红卫小学分为城关小学与红卫小学；1978年，恢复为实验小学。

　　1990年，全校有18个班级，在校学生767人、教职工48人，其中中师毕业以上38人。从1950至1990年该校共毕业40个班3146人，考上初中的3100人。全校占地面积7.86亩，建筑面积6003平方米，有教学楼、宿舍楼、办公楼4座，有仪器室、实验室，实验仪器、标本模型522件，语音实验室设备(56座位)1套，综合电教室1间(90多平方米)，录像机、彩电等56件，录像带196盘，录音带312盒，投影片、幻灯片2806框，藏书80560册。

　　1980年始，该校为全省112所重点小学之一，是省爱国主义教育实验校，电化教育实验校，军(警)校共建示范点之一。

　　该校坚持“德育为首、五育并举”的原则，1989年获市文明单位称号，校少先大队荣获全国“红旗大队”称号。至1990年有50%以上的教师受到各级政府、教委的表彰，校长马益俊获“庄重文优秀校长奖”，副校长黄丹心获省“五·一”劳动奖章，还获省劳模、全国优秀教师称号。全校有200多名学生分别受到全国、省、市的表彰和奖励，其中饶贞获全国学雷锋、学赖宁活动的奖章，王进、陈佳亮分获省、市优秀少先队员称号。学校被评为县、市、省教育先进单位以及省体育达标先进单位。