清流一中前身是清朝龙津书院。民国17年(1928)，筹办县初级中学未果，改办县师资传习所，招收学生40人，学制3年，第一期9名毕业生于民国20年毕业，后停办。

　　民国29年，创办县初级农业职业学校，教职员9人，招收学生40名。民国31年，创办清流县简易师范学校，　年招收100人，次年和农校合并，保留简易师范学校名称，农校建制撤销，成为简师的附设农职班，农校三年级学生继续读农校课程，于民国33年毕业；农校二年级学生并入简师读简师课程。民国35年，简师改为清流县初级中学，教职员14人，学生100多人。1949年停办。

　　解放后，县人民政府拨款修复被国民党驻军破坏的校舍，1950年4月恢复上课，有学生50人，教师6人。1957年，建立县初级中学，全校有教职员23人、学生323人。1958年秋开办高中部，改为县第一中学。当年有8个班、学生478人、教职员工31人。1959年，清流县与宁化县合并，清流一中改为清宁二中，高中部并入清宁一中(宁化)，1961年，复称县一中，　当年招高中新生48人。至1965年，毕业两届高中生共69人，考上大专院校的19名(其中第一届毕业生36人，考上大专院校的11人)。

　　“文化大革命”期间，停课“闹革命”，学校设备、图书、仪器遭到严重破坏。1968年6月遭特大洪水袭击，唯一的教工宿舍被冲垮，继而礼堂失火，图书被焚烧殆尽。当年11月，工宣队、军代表相继进驻一中。1969年，成立校革命委员会，继而学校复课，将中学6年制改为4年制(初、高中各二年)，课程有政治、语文、数学、农业基础知识、工业基础知识等，开设外语、历史、地理课程。1977年后，教学逐渐走上正轨，建立和健全规章制度，恢复升学考试制度。1978年，该校被定为三明地区重点中学。1981年，被定为省重点中学。1990年考上大专院校的学生104人，中考及格率和优秀率分别提高到90.1%和63.8%。是年，全校有教学大楼、图书馆、物理、化学、生物实验室及科学大楼等，建筑面积16494.6平方米。电化教学仪器有录像机、彩电、投影仪、录音机、广播设备、摄像机、物理实验仪器，价值36692.08元；有各种模型及标本125件，价值3045.08元；有图书2.4万册。高中、初中共有32个教学班，在校学生1650人，专职教师111人(其中大学本科毕业43人，大专毕业65人)。

　　1972～1990年，该校有初中毕业生4230人，高中毕业生3375人；考上大专院校的657人，考上中专的348人。