民国28年(1939)，清流卫生院建立，具体的防疫工作业务主要有接种牛痘、霍乱疫苗。当年接种2900余人。民国35年，增加鼠疫苗和伤寒疫苗，接种人数5294人。此后，因时局动荡，年接种人数逐年减少。民国36年接种人数尚有3420人，至民国38年只有1000余人。解放初，防疫工作仍由卫生院承担，县人民政府多次组织医务人员，深入全县各乡村开展预防接种和传染病的治疗。1957年，县防疫站成立，防病工作得到加强。1963年，预防接种增加伤寒、百白二联、白类、破类和麻苗等项目。1972年，实行一人一卡的免疫制度，建卡率为43.86%。1980年，实行计划免疫。次年，全县“六苗”(麻疹苗、小儿麻痹糖丸、百白破、卡介苗、乙脑、流脑)单项接种率平均为52.87%，“四苗”(麻疹苗、卡介苗、百白破、小儿麻痹糖丸)基础免疫应免疫人数2660人，完成数492人，覆盖率为18.5%。

　　1982年，清流被省列为首批扩大免疫规划冷链试点县，预防接种按周、季进行，全县有周接种点1个、季接种点122个。1983年，全县儿童29691人，建卡数26090人，建卡率达87.9%，其中城关地区建卡率达97.14%。同年，县医院妇产科对新生儿开展卡介苗接种。1984年，县防疫站在城关作结核病免疫水平测定，测定615人，阳性率为43.58%。在实验小学和里田小学作白喉锡克氏试验，5～17岁176人，阳性率为88.45%，为计划免疫工作提供理论依据。1986年，“四苗”基础免役覆盖率达80.48%，1988年4月，县防疫站在嵩溪小学开展白喉易感性监测，一、二年级学生223人，锡克氏试验阳性率为91.04%。至此，麻疹、白喉、百日咳、脊髓灰质炎、流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎等传染病得到有效的控制。是年，全县儿童出生数2320人，建卡2309人，建卡率为99.53%，“四苗”覆盖率为85.71%。各种法定报告传染病人436人，总发病率为646.64/10万。

　　1990年，全县7个初级保健试点乡有两岁以内儿童3647人，入保2380人，入保率达65.26%。全县婴儿出生数2682人，入保数1301人，入保率70.36%，建卡数2644人，建卡率98.58%。“四苗”覆盖率为88.57%。“六苗”单项接种率均在90%以上，“四苗”基础免疫应免疫2682人，完成数2375人，覆盖率达88.55%。是年，全县各种法定报告传染病发病人数333人，总发病率为241.49/10万。