清流县基督教分为基督新教和天主教两种：
一、基督新教
清光绪末年，长汀基督教派员入清流传教，由传道士讲道，信者寥寥。嗣后，本地多人出门领悟教义，信者渐增。民国7年(1918)，中华基督教租用城关生产街一幢民房为活动场所，长汀教区牧师修忠诚在此创办“中华基督教聚会处”。民国11年，续派传道员巫少堂到清流开展教务活动，教区负责人修忠诚、詹家德(女，英国籍)等人先后到清流巡视、指导。民国9年，为便利大基头基督教教徒的正常宗教活动，北门聚会处增设城西大基头福音堂，隶属北门聚会处。翌年，购民房1幢，将教堂迁至此处。民国14年，由传道员王用章负责，兴建“中华基督教北门教堂”，建筑面积360平方米，是年，改“大基头福音堂”为“大基头聚会总点”。
民国18年，北门教堂创办“村风初级小学”，聘请王省三任校长，共办3期；有初小毕业生40余人。民国22年因校长调动停办。是年，大基头聚会总点创办崇德初级小学，由廖文彬负责学校行政事务，办学9年，招收男女学生90余人，初小毕业生达80多人，后因无生员停办。同年，北门教堂创办福音医院由王俊文任院长，为教徒、教外群众以及汀东游击队王仰颜部治疗疾病。
民国20年7月，红十二军首次解放清流县城，驻北门教堂内，教会活动停止。部分教徒暂时在罗大哲家聚会做礼拜。一些进步教徒则参加工农红军。民国23年，罗大浚设立垇上基督教徒聚会处。福州津门聚会处的包幼道、郭建良和永安聚会处的郭仰玉等人频频串教清流。连同大基头聚会点的教徒达百余人。红军北上抗日后，恢复正常的宗教活动。民国29年，全县基督教徒达200余人，分布在城关、大基头、嵩口、长校、沙芜等地。民国37年包幼道到清流传教。基督教分布在城关渔沧、大基头、长校茜坑、温郊、梧地等地。1950年，县人民政府贯彻执行宗教政策。允许教徒在教堂做礼拜。义工魏慕贞、刘菊英主持北门教堂教会工作。同时，改星期三、六、日教徒活动时间为星期日在北门教堂做礼拜。1951年土地改革时，大基头聚会点被辟为工作队驻地。北门教堂先后被县森工局、县电厂等单位借用。1952年，教徒罗大哲进行反革命活动被镇压，同年这一聚会处被取缔。教徒从公开转为秘密活动。1954年，教徒减至80～90人。1955年，北门教堂被封闭，教牧人员被下放到基层劳动。
1978年起，基督教徒逐步转入公开正常活动。1982年4月开放清流县北门教堂和大基头聚会点。由义工刘菊英、罗克祥主持北门教堂教务，聚会总点由伍维康、雷佑生主持教务活动。1983年8月，成立清流县宗教工作领导小组，加强对宗教工作领导。1983年3月、1985年5月，大基头聚会点和北门教堂相继归还教会。
1985年3月，召开清流县基督教代表会议，选举产生清流县基督教“三自”(自传、自治、自养)爱国运动委员会第一届理事会。1990年9月，召开第二次代表大会。是年登记在册的教徒515人，受洗礼的220人，其中城区235人，洗礼85人；嵩溪35人，洗礼10人；嵩口92人，洗礼45人；田源15人，洗礼5人；灵地25人，洗礼12人；李家24人，洗礼20人；长校55人，洗礼15人；温郊34人，洗礼28人。除北门教堂、大基头教堂外，在灵地、嵩口、嵩溪、温郊还分设4个聚会处。
二、天主教
民国37年秋，宁化天主公署传道员赖永明在清流城关租用雷在春的民房为天主公所(今工商行附近)。同年冬，迁至后街雷占辉屋，隶属宁化天主堂。1950年，长汀天主公署司铎卓正贤主持清流天主教教务，改天主公所为天主堂，租用文化街王瑞春屋。是时，天主教分布于城关渔沧、沙芜、廖武等地。是年，发展教徒57人(包括首批到宁化洗礼的20人)。1951年6月，全县有天主教徒78人，其中，男教徒42人，女教徒36人，教徒中有农民、职员、学生和其他职业人员。是时，教徒每天早晚举行祷告，星期日聚会做礼拜。1951年9月，因无神职人员和聚会场所，停止活动。至1990年均未恢复聚会活动。天主教教徒仅10余人。
